医院坚持走“专科特色，综合发展”道路，形成了以肝病中心、艾滋病中心、感染性疾病中心、中西医结合中心为代表的传染病优势学科，同时打造了特色鲜明、协同发展的综合学科体系，尤其是在综合学科同传染病交叉领域取得了丰硕成果，具备传染病综合诊疗能力和疑难危重传染病救治先进技术，引领和推动国家传染病医学发展。

医院始终秉承“平急结合”的原则，“平”时为患者提供全学科的综合诊疗服务，感染性疾病影响力辐射全国；“战”时具备承担疑难危重传染病的救治能力和强大的应急管理体系，多次承担并圆满完成了重大传染病疫情等突发公共卫生事件的救治任务，2017年医院获批成立了北京市新发突发传染病应急救治中心。在散发、烈性新发突发传染病救治方面，医院先后成功诊断并救治了北京首例H7N9禽流感、埃博拉、MERS、中国首例黄热病、裂谷热、北京首例寨卡病毒病、皮肤炭疽、霍乱、H9N2、疟疾、肺鼠疫等患者，并能够顺利完成危重传染病患者的航空转运及救治工作等。在重大传染病疫情救治方面，医院先后承担了非典、甲型H1N1流感、新冠病毒感染疫情等诊疗救治任务。2020年1月19日医院收治了北京市第一例新冠确诊病例，作为北京市定点收治医院一直坚守在抗击疫情一线，白衣执甲，全力以赴，是北京市投入救治最早、收治患者最多、持续时间最长的医疗机构，创造了低死亡率、高救治成功率的佳绩。在应急援外方面，医院先后派出专家赴西非、马达加斯加、圭亚那、南苏丹等执行医疗救治任务，为人类命运共同体贡献中国力量、地坛力量。